，近现代新疆诸大事无一不和苏联（俄国）有关，尤其是盛世才的上台，更与苏联大有干系，苏联为了支持盛世才独霸新疆，甚至还出动机械化部队和空军直接帮助盛世才打败马仲英。苏联如此明目张胆地支援盛世才，目的不外乎要在新疆扶植一个极端亲苏的政权，以确立自己在新疆的势力范围，同时也为自己建立一个有效的战略缓冲地带。因此二战后期盛世才突然从亲苏转向亲蒋后，自然引起苏联的不安，尤其是盛世才的412事件后，公开关押驱逐共产党人，更让史达林大为光火。根据目前掌握的资料，在伊犁巩哈暴动后，苏联内务人民委员部大批人员迅速赶往阿拉木图，由苏联内务人民委员（即内务部部长）贝里亚亲自坐镇指挥，许多在苏联成长、学习的少数民族共产党人被派进新疆，如在盛世才时期返回苏联的前白俄鲍里诺夫、列斯肯，流亡苏联的伊犁地区宗教人士艾里汗·吐里等，进入苏联接受先进思想的进步青年阿巴索夫和阿合买提江、受苏联训练的军事指挥人员伊斯哈克伯克、达力克汗等。伊犁革命组织就是这时候由苏联驻伊犁领事馆牵线，联系当地民族宗教势力和进步人士建立起来的。

巩哈暴动初始，游击队利用国民党势力在伊黎河谷空虚的契机，陆续取得了一系列战斗胜利，曾经一度占领尼勒克。国民党当局派遣接替盛世才担任新疆临时主席的朱绍良匆匆调集大批军队前往镇压，当巩哈暴动吸引国民党军主力东进的时候，伊犁解放组织秘密得到苏联军火、人员的援助，1944年11月7日夜（这天也是苏联十月革命纪念日）突然在伊宁发动起义。从苏联派遣回来的原二台公路养路段段长列斯肯（俄罗斯族）带领一个经过精心训练的游击队在果子沟切断了进入伊犁的唯一公路——迪（迪化，今天的乌鲁木齐）伊（伊犁）公路（这条公路也是目前通向伊犁的咽喉要道，60年代，为了保证战争时期需要，我国在新疆天山腹地花费大量人力、物力修建了天山公路，就是为了保证一旦312国道被敌人占领，我们还有一个备用公路而修建的）。当天，伊犁解放组织领导人阿巴索夫（三区革命领导人，也是三区革命的核心人物，1946年代表三区参加了国民党的国大会议，与周恩来、董必武进行过接触，1949年坚决拥护中华人民共和国的成立，同年在接受毛主席邀请赴北京参加政协会议时因为飞机失事去世，年仅28岁）和苏联军事顾问彼得·罗曼诺维奇·阿列克山​​德洛夫率领60人的武装（根据一些在伊宁的国民党官员事后回忆，这批人员还身着苏军制服，佩带苏军军衔）从霍城越界潜入伊犁市区。他们首先切断了伊黎河大桥的交通，国民党伊宁当局派遣一个排的兵力试图重新夺回大桥，未出城即遭武装人员伏击。入夜，巩哈游击队主力绕道赶到伊宁城，开始四处进攻国民党守军，起义很快取得了胜利，大批汉族人和国民党军队被迫撤退到惠远老城和艾林巴克（飞机场），起义部队（内中包括有从苏联赶来的身穿军装的苏联正规军和数十架苏军飞机以及大批从苏联运来的火炮）在苏联军事总顾问科兹洛夫的统一指挥下，到12月31日终于将这里的国民党守军歼灭，守将陈伯​​良、高炜在惠远城破时互相射击自杀身亡。伊犁郊县汉族官民纷纷逃亡，巩留、新源、特克斯等地数百人向焉耆撤退，至玉尔都斯山被追及，生抵焉耆者只余三十多人；昭苏官民企图翻越冰达阪退往阿克苏，正值寒冬，最后抵达者只有十余人。整个伊犁地区只有艾林巴克孤军死守。

艾林巴克，在维语中为“脏园子”，位于伊宁东北，是全城最高处，北为飞机场，南是乱坟岗，原来是沙俄军队营房，当时​​是国民党中央航空分校教导总队。伊宁起义后，城内军民退守此地约8000人。从1944年11月9日，起义部队开始围攻艾林巴克，久攻不克。1945年元月10日，国民党第45师和预备第7师援兵试图救援艾林巴克，其中第45师一个团冒严寒跨越天山抵达伊宁东郊，遭到大批装备精良、受过正规训练的起义部队围歼。艾林巴克守军见救援不成，遂决定冒险突围，突围后残余2000军民又被起义人员骑兵追击，绝望中守将杜德孚（预备第7师副师长）、曹日灵（预备第7师参谋长）自杀，最后这批死守艾林巴克的军民仅有800多人被俘（而被俘者也只有500多人，包括34名妇女被关押进监狱，其余人皆“失踪”。伊宁被起义军攻克后，大批极端民族主义者手持大刀木棒，四处搜杀汉人和华侨，到事态被临时政府制止的时候，噎有大批汉人被杀，其中东北籍汉人几乎无一人幸免，伊宁救济院的残废汉人都被拖到河边用木棒击毙。几十年后，还有一些极端分子威胁与之发生冲突的汉族人：“难道你忘记伊黎河水的颜色了吗？”这里说的伊黎河的颜色就是指当时虐杀俘虏和汉人将河水都染红了。），伊犁全境得以解放。

伊犁全境尚未完全解放时，伊犁解放组织在1944年11月12日匆匆忙忙成立了“东突厥斯坦共和国”，艾力汗·吐烈成为临时政府主席，阿奇木伯克为副主席。这时期把持政权的是伊斯兰教上层宗教人士和地主、旧封建统治时期的上层人士。所以临时政府规定的国旗是绿地、中间是黄色星月标志的带有明显伊斯兰教标志的旗帜。

临时政府成立后，将各游击队统一起来，成立了游击队总司令部，总司令是阿列克山德洛夫，1945年1月中旬，国民党军队援军赶来救援艾林巴克守军，在果子沟和游击队发生激战，同时国民党军队谢义锋一部在付出极大代价后翻越雪山抵达伊犁外郊。阿列克山德洛夫惊慌失措企图从霍城逃回苏联，结果被伊犁临时政府撤去职务，代之以鲍里诺夫，同时苏联红军正规军一个骑兵团和部分炮兵也迅速入境投入战斗，终于将国民党援军击溃。

1945年2月，伊犁临时政府决定将游击队总司令部改组为民族军总指挥部。发布兵役法，规定20—22岁“公民”要应征入伍，服役三年，在目前总动员时期，23—44岁“公民”也要入伍。

1945年4月8日，在伊宁市西公园（后来的史达林公园，好像现在叫人民公园）广场上，隆重举行民族军成立大会，这标志民族军的正式成立。在大会上，临时政府主席艾力汗·吐烈发表了带有泛伊斯兰主义、泛突厥主义、民族分裂主义内容的煽动性讲话，并给民族军各部队授予标有伊斯兰星月徽、写有“为东突厥斯坦的独立前进”文字的军旗和写有经文的白色伊斯兰教教旗。授旗后还进行了阅兵式。

这时期的民族军主要组成部分是：

1、1944年8月成立的乌拉斯台游击队，也就是后来的巩哈游击队，这是伊犁起义的主力，人员最多。

2、阿巴索夫和阿列克山德洛夫在苏联编组训练后秘密潜入的游击队，人员虽然少​​，但是装备精良，战斗力很强。

3、列斯肯率领的芦草沟游击队，这个游击队主要是俄罗斯族人。

4、鲍里诺夫和伊斯哈克伯克从苏联带回来的一个营骑兵（从各苏军边防部队抽调的人员）。

民族军的军衔分为士兵、尉官、校官和将官四级，肩章和军服都仿照苏军式样。肩章为蓝、红、白三色，以区分骑兵、步兵和炮兵；帽徽为铁制，中间一内圈为天蓝色，中心是一个橘红色月牙和五角星。伊犁临时政府聘请了一批苏联军事教官，在霍儿果斯举办军官培训班，每期三个月。

民族军总司令部下设后勤处、政治处、军事法院、军事检察院、侦察处、作战处、人事处、总务处等机关。鲍里诺夫为民族军总指挥、瓦尔沙诺菲·米哈伊洛维奇·莫日阿洛夫为总参谋长，阿巴索夫为政治部主任，艾尼（巩哈游击队指挥员）为军事法院院长。总兵力大约15000人，各部队有：

特克斯骑兵第一团

特克斯骑兵第二团

新二台骑兵第三团

蒙古族骑兵营（来自博尔塔拉的土尔扈特蒙古族）

锡伯族独立骑兵连

骑兵补充团（巩留）

回族独立骑兵营

绥定步兵第一团

伊犁步兵第二团

伊犁预备第四团

直属炮兵营

直属警卫营。步兵编制：每团2个营，每营3个连，每连3个排，每排4个班，全团大约2500人。骑兵团编制：每团4个骑兵连和1个机枪连。每团约1000人。

团设参谋部、政治处、后勤处。有团长、军务副团长、政治副团长、宗教副团长各一。1945年2月开始，伊犁局势噎稳定下来，革命开始向北疆和南疆发展。7月在民族军和当地游击队的夹击下，塔城国民党守军、政府人员和汉族群众1400多人逃入苏联，塔城解放。民族军将塔城游击队改编为额敏骑兵第4团和塔城骑兵第6团，并将原来的二台骑兵第3团和上述两个团合并成立了独立骑兵旅，该旅人员大约2400人，列斯肯为旅长。

此时北疆的阿山地区局势更加混乱，乌斯满和达列力汗两次大规模进攻承化，但是并未能占领。8月7日，蒙古人民共和国大约50多人的部队和达列力汗的游击队会合，第三次进攻承化，在国民党军队的抵抗下，仍然未能夺取承化，9月，民族军独立骑兵旅赶来，9月6日再次包围承化，国民党守将高伯玉率守军和百姓3000余人弃城北逃，希望能进入蒙古避难，但在中蒙边境奥尔尕提达阪遭到蒙方阻拦；9日，民族军赶到，捕获高伯玉在内的国民党官兵1130人。9月20日，在阿山的游击队被改编为民族军阿山哈萨克族骑兵团，达列