在1930年代和1940年代，苏联多次试图吞并新疆地区，将其改为“东突厥斯坦苏维埃社会主义加盟共和国”，为此扶植了很多新疆民族主义和共产主义团体，最有影响的是阿不杜力克木。阿巴索夫的“新疆共产主义者同盟”。1944年的“三区革命”就是在这样的背景下发生的。分离主义分子、苏联代理人、后任中共政治协商会议副主席的包尔汉曾自供道：“苏联方面大力援助了这个革命运动，使伊犁革命形势不断发展，一直扩大到塔城专区、阿山专区，成立了'东突厥斯坦共和国'（也称东土耳其斯坦共和国），这就是所谓'三区革命'。它的影响还扩展到了南疆和西藏。其实，我们只要稍微分析一下这个“东突厥斯坦共和国”的所作所为，就知道它与所谓的革命不沾边。
1944年11月12日在伊宁成立的“东突厥斯坦共和国”的临时政府主席艾力汗吐烈是苏联乌兹别克人，一个泛突厥主义者。在苏联农业集体化年代他从乌兹别克跑到新疆布道，在布道时他大肆鼓吹新疆实行彻底“独立”的泛突厥主义思想，被盛世才逮捕，从1937～1942年一直被关在伊宁的监狱。“三区革命”起来之后，在苏联的支持下，他夺得领导权，使他不仅是泛伊斯兰主义者和泛突厥主义者的精神领袖，而且还是“东突厥斯坦共和国”临时政府军政事务的最高主宰者。
1945年1月5日，该临时政府委员会举行第四次会议，会上通过了九项宣言。在宣言中宣布：“永远消灭中国在东突厥斯坦领土上的专制统治”，“建立一个真正、自由、独立的共和国”。
除此之外，分离主义分子还大肆屠杀汉人。1945年1月伊宁被攻克后，大批极端维吾尔族民族主义者手持木棒大刀，四处残杀汉族人。
到事态被制止时，噎有大批汉人被杀，其中东北汉人几乎无一幸免，连伊宁救济院的残废汉人及汉人小学生都被拖到河边用木棒打死。“三区革命”中被杀害的汉族平民数量至今没有准确的统计，一般的估计是在二万至七万之间。1944年9月，蒋介石将盛世才调到南京，派吴忠信任新疆省长，并把各厅厅长都换成国民党方面的人。蒋介石还命令马步芳派一个军的骑兵驻扎在新疆各地，对东突厥斯坦分离运动进行镇压。1945年期间，经南京政府与苏联交涉，双方同意派代表进行谈判。南京方面派出了张治中，三区派出了热黑木江（团长）、阿不都哈依尔。吐烈、阿合买提江三人代表团。苏联派出一位代表。经过八个月谈判后，制定了11条和平条款，取消了“东突厥斯坦共和国”的名称，恢复伊犁、塔城、阿山三个专区的建制。
此后苏联仍试图控制新疆地区，国民党军队与“三区”军队隔玛纳斯河而武装对峙。苏联代理人包尔汉称：“以后尽管国民党不断破坏和平条款，企图派国民党军占领三区，但是由于苏联的支持和各族人民的坚决斗争，这一企图始终没有得逞，直到1949年新疆和平解放，整个新疆才完全统一，三区军队改编成中国人民解放军”。1949年，阿合提买江和阿巴索夫等人由伊宁经苏联领空飞往北平，参与中共政治协商会议，在伊尔库茨克附近失事。有分析家认为，这次事故可能是人为的。
所谓的“三区革命”一开始就是在苏联人操纵下的分离主义运动，运动中数万无辜的汉人平民被大肆屠杀。但是，同为苏联人傀儡的中共，却对“三区革命”给予很高的评价，1949年8月18日，毛泽东写信给三区领导人阿合买提江说：“你们多年来的奋斗，是我全中国人民民主革命运动的一部分。”1949年12月20日，曾经屠杀数万汉人的三区民族军被改编为中共解放军第五军。
提及新疆的和平解放，无法回避新疆三区革命，而提及三区革命。就不能回避新疆民族军。所谓新疆民族军就是新疆三区革命的武装。部队的渊源很多，内中成分复杂，其中主要组成部分有：
1、乌斯满、达力克汗（1949年任新疆民族军高级将领，在赴北京参加政协会议时由于飞机失事去世）的阿山哈萨克族武装。这个武装是在蒙古人民共和国和苏联一手扶植下发展壮大起来的。乌斯满和达力克汗都是新疆阿山地区哈萨克人，乌斯满早在30年代就组织武装反抗盛世才，在当地很有影响力，三区革命胜利后被三区临时政府任命为阿山地区专员，1947年投诚国民党政府，49年后沦落成中共眼中的“土匪”。1951年2月在青海柴达木被解放军“剿匪”部队活捉，两个月后在迪化经“公审”后枪决。
2、新疆伊犁解放组织。该组织成分十分复杂，有大土耳其分子（东突分子）、泛伊斯兰分子、极端民族主义分子、在苏联学习归来的苏共在伊犁地下组织成员、进步青年和伊犁民族起义人员（如巩哈暴动人员）。人员众多、装备精良，是新疆民族军的主力。
3、在南疆蒲犁（今天塔什库尔干）的蒲犁游击队。该游击队主要由柯尔克孜和塔吉克人组成，领导者是从苏联伏龙芝军校学习归来的伊斯哈克伯克（后来成为新疆民族军高级将领，1949年赴北京参加政协会议时由于飞机失事去世）。该部队在三区革命时期曾经数次进攻喀什，后来经过和谈，大部经苏联进入伊犁地区。
4、在苏联驻塔城领事馆帮助下建立的塔城战斗小组，领导人是司马义也夫。司马义也夫后来成为新疆民族军的主力骑兵团团长，在新疆平叛战斗中战功卓著。
1944年伊犁革命的起源是乌拉斯台各民族人民的起义，表面上起义导火索是盛世才的“献马运动”，强征暴掠激起民众的反抗。
实际上三区革命的爆发有着更为深层的复杂原因，最直接的因素是苏联的态度。新疆与苏联有着密切关系，近现代新疆诸大事无一不和苏联（俄国）有关，尤其是盛世才的上台，更与苏联大有干系，苏联为了支持盛世才独霸新疆，甚至还出动机械化部队和空军直接帮助盛世才打败马仲英。苏联如此明目张胆地支援盛世才，目的不外乎要在新疆扶植一个极端亲苏的政权，以确立自己在新疆的势力范围，同时也为自己建立一个有效的战略缓冲地带。因此二战后期盛世才突然从亲苏转向亲蒋后，自然引起苏联的不安，尤其是盛世才的412事件后，公开关押驱逐共产党人，更让史达林大为光火。根据目前掌握的资料，在伊犁巩哈暴动后，苏联内务人民委员部大批人员迅速赶往阿拉木图，由苏联内务人民委员（即内务部部长）贝里亚亲自坐镇指挥，许多在苏联成长、学习的少数民族共产党人被派进新疆，如在盛世才时期返回苏联的前白俄鲍里诺夫、列斯肯，流亡苏联的伊犁地区宗教人士艾里汗·吐里等，进入苏联接受先进思想的进步青年阿巴索夫和阿合买提江、受苏联训练的军事指挥人员伊斯哈克伯克、达力克汗等。伊犁革命组织就是这时候由苏联驻伊犁领事馆牵线，联系当地民族宗教势力和进步人士建立起来的。
苏联对三区的影响十分深远，用邓力群的话说就是没有苏联的帮助，三区革命是不可能成功的，而彭国安则说的更为直接：“三区就是苏联打出来的”，三区革命与苏联的联系如此紧密，可以想像三区民族军众多官兵与苏联的关系，有未经证实的资料说在新疆和谈成功之前，三区民族军排以上干部均为苏军派遣来的正规军官。民族军中也有大批苏联援助的武器装备，根据锡伯族骑兵连成员在90年代的回忆录中提到，新疆和谈成功后，有正式的命令收回部队中所有带有俄文字元标示的武器，代以缴获的国民党武器。至于三区政府和苏联的关系自不必说，张治中回忆录中讲，就在和谈协议签字仪式上，苏联领事馆领事俨然一个太上皇，当着张治中的面直接修改和谈协议条款，从此可见一斑。大批三区民族军将领在三区革命成功后陆续返回苏联，如原民族军总指挥鲍里若夫在新疆和谈即将成功前返回；曾经担任过中国人民解放军5军军长的列斯肯在50年代初5军番号被取消前返回，到60年代中苏关系恶化，苏联策动三区边民叛逃，原三区民族军个别将领也随之进入苏联，如马尔果夫和祖龙·太也夫，祖龙·太也夫后来移居土耳其，现在不知道还在不在？当然这都是话题外的话了。
附注1：1955年授衔的来自新疆民族军的将领
赛福鼎·艾则孜，新疆阿图什县人，维吾尔族人，在三区革命中任三区军事法庭秘书、临时政府教育厅厅长，三区革命联合政府委员，新疆人民民主同盟《前进报》总编辑，人民民主同盟主席。1955年被授予中将军衔。
马尔果夫·伊斯哈科夫，曾任新疆军区副参谋长，1955年被授予少将军衔。具有中国、苏联双重国籍，1962年出走苏联。
买买提伊敏·伊敏诺夫，新疆伊宁人，维吾尔族人，在三区革命中任排长、民族军指挥部科长、副参谋长、骑兵团长。建国后任解放军师长兼南疆军区副司令，1955年被授予少将军衔。
祖龙·太也夫。曾任民族军副司令、新疆军区副参谋长，1955年被授予少将军衔。具有中国、苏联双重国籍，1962年出走苏联。
曹达诺夫·扎依尔，新疆伊犁人，维吾尔族人，三区革命中任骑兵营参谋长、步兵第四团参谋长、民族军政治部主任。建国后任解放军第5军副政委，新疆军区政治部第二副主任，新疆军区副政委，乌鲁木齐军区副政委，1955年被授予少将军衔。
