将主要负责人抓捕拷打逼供，并将曾焕干、李铁等城工部负责人、干部和陈书琴处死，最终有117名地下党被处死，1,276名地下党员被除名。其中闽浙赣地下军副司令曾焕干，学生时代即参加地下工作，还担任过中共闽北地委常委，被杀死时才28岁。1949年8月24日，中共琼崖党组织召开宣判大会，宣布琼崖地下学联是伪装进步学生的特务组织，21人被枪决。据说他们临死前还在高呼“共产党万岁”，至死都没有认清自己上了中共的当。
