10月的一天，储安平的女儿回家，发现家里的东西被翻得乱七八糟，只有在房间中央的一张椅子上，放着一个捆着的行李卷，不见储的踪影。储的女儿到处寻找父亲，却没有找到，不得不向九三学社的军代表报告。军代表立即报告中央文革小组和中共总理周恩来。周指示公安部组织一个专门调查组。调查组在全国范围内找了两年，所有储安平可能去的地方找了一个遍，也没有找到他。储安平就这样神秘失踪了。
