2006年10月29日，一篇所谓高智晟签名的悔过书产生，北京著名的公益人士胡佳之前披露，警方谎称高智晟的妻儿没有任何生活费了，如果高律师不写，那么他的妻儿就会挨饿。高智晟为了家人写了所谓的悔过书，但是国宝根本不满意，反覆要求高智晟修改六次其稿，最后国保来写，让他抄写一遍并签名。胡佳表示：“满篇里没有一个字是出于他本意！这满纸谎言整个就是公安部国保局的畜生们攥出来的。意思都该反着理解。”

高智晟得用抄写这份“悔过书”来为妻子儿女换5,000元生活费。而这5,000元本来就是高家自己的钱，但被警方扣押。胡佳说，这份“悔过书”不是高智晟的耻辱，是那些把他妻女作人质的国保畜生们的耻辱，是中国“盖世太保”们的罪证！“保证就像犹太人捉拿纳粹战犯一样，会有一天把这帮孙子一个一个捉拿归案。”

2006年9月21日，当局对高智晟以“煽动颠覆国家政权罪”进行了正式批捕，12月他被中共以“煽动颠覆国家政权”罪判处3年有期徒刑，缓刑5年。

他虽免于入狱，但从2009年开始，不断在没有控罪的情况下被扣押，他和家人受到长时间软禁。 2009年2月4日，高智晟在陕西的家中被警察带走后，随后下落不明，他的一切通讯手段被切断，完全处于与世隔绝的状态。

2009 年2月9日，网上流传出《黑夜、黑头套、黑帮绑架——高智晟律师自述遭绑架经历》一文。文章中高智晟曝光他被秘密警察戴黑头套残酷殴打、扒光衣服折磨、被电击、竹签捅生殖器等各种酷刑，令他多次频临死亡的感觉，他全身的外表非常可怕，周身完全呈重度乌黑色。此事引起美国、法国、德国等各国媒体关注。

2011年12月16日，中共官方英文版发布简讯声称，人权律师高智晟已被送回监狱，继续服刑3年。这是高智晟在被秘密扣押下曾于2010年4月短暂现身之后，外界首次得知他的下落和状况。